Город заложил Петр I, как крупный порт, снабжающий Санкт-Петербург. И хотя Новая Ладога расположена на берегу Ладожского озера, не по Ладоге пошли суда в новую имперскую столицу.
Ладога – крупнейшее озеро Европы, славилось своими бурями и штормами. Чтобы обеспечить безопасное судоходство, Петр I велел прорыть канал вдоль берега озера от Новой Ладоги до Шлиссельбурга. Через 150 лет Староладожский канал стал мелок для судов и параллельно ему построили более современный Новоладожский канал.
Фашисты 8 сентября 1941 года захватили Шлиссельбург и перерезали ладожские каналы. Единственным путем снабжения Ленинграда осталось Ладожское озеро. В Новой Ладоге в навигацию начинался путь кораблей в осажденный город. Озерная трасса шла в бухту Осиновец и ее протяженность была 125 км.
Новая Ладога стала местом дислокации Краснознамённой Ладожской флотилии и ее штаба.